醫學上有很多未定論的地方，甚至還有很多爭論的地方，即便是原本已定論的醫學知識或治療方法，因新的知識或方法出現，又發生新的爭，泌尿科也是如此，從醫學史上來看，這種例子很多，從這些不斷的爭議中，醫者從中深得啟示，醫學也因此而不斷地進步。隨著科技的進步，新的治療方法不斷推出，爭議也隨之而來，例如腹腔鏡手術的爭議，特別是老一輩的醫師，很容易從負面來看這個手術。至於基因治療，更是諸多爭議，除了技術上的爭議外，再加上倫理上的爭議，可說是熱鬧非凡。另外還有一項可能不是這次要討論的問題，台灣到底需要多少泌尿科醫師才算適當？這一定會引起爭議，尚有待討論了。